Skałka to dawna osada o charakterze obronnym, usytuowana na wapiennej skale wznoszącej się ponad nizinny teren. Położona jest niedaleko Wawelu. Oba miejsca to ważni świadkowie przeszłości, dwa panteony narodowe, nierozerwalnie splecione z losami Polaków. Swoje znaczenie w historii Skałka zawdzięcza męczeńskiej śmierci biskupa krakowskiego Stanisława (1079 r.) z rąk króla Bolesława Śmiałego. Według legendy, poćwiartowane ciało zrosło się w cudowny sposób w miejscu dzisiejszej sadzawki. Król musiał opuścić kraj, a po licznych cudach kościół uznał biskupa świętym i kanonizował w 1253 r. Od 1089 r. ciało biskupa spoczywa w katedrze wawelskiej, ale to Skałka jest miejscem jego kultu.
W 1472 r. kanonik krakowski Jan Długosz w trosce o podupadające wówczas sanktuarium św. Stanisława, postanowił przekazać je w ręce Paulinów, którzy przybyli tu z klasztoru na Jasnej Górze. Nowi kustosze mieli za zadanie otoczyć troską święte miejsce i poprzez duszpasterstwo oraz osobisty przykład szerzyć kult św. biskupa Stanisława. Paulini rozbudowali kościół, wznieśli kaplicę św. Stanisława i odnowili sadzawkę, z której wierni czerpali wodę, wierząc w jej uzdrawiającą moc. Po różnych zawirowaniach dziejowych i zniszczeniach, w latach 1734-1751 r. powstał nowy kościół w stylu barokowym, według projektu Antonio Solariego. Bezpośrednio przy kościele znajduje się klasztor Paulinów, wznoszony z przerwami w latach 1633-1723. W latach 1876-1880, z inicjatywy Józefa Łepkowskiego, w podziemiach kościoła urządzono narodowy panteon w postaci Krypty Zasłużonych, według projektu Teofila Żebrawskiego. Spoczęły w niej znamienite postacie polskiej kultury i nauki.