Paulini zostali sprowadzeni na Skałkę w 1472 r. Niecałe 200 lat później, w 1653 r. otrzymali pozwolenie od Stolicy Apostolskiej na otworzenie domu studiów filozoficzno-teologicznych. Obecne seminarium jest jedynym tego typu obiektem Zakonu Paulinów na całym świecie. Budynek seminarium, w którym dawniej mieścił się też juwenat (gimnazjum męskie), został wzniesiony w latach 1931-1935 według projektu Adolfa Szyszko-Bohusza. Pracował on również na terenie klasztoru Paulinów na Jasnej Górze oraz przy konserwacji kościoła na Skałce. Odważny architekt zdecydował się na nowoczesną, modernistyczną bryłę, odcinającą się od zabytkowego otoczenia – gotyckiego kościoła p.w. św. Katarzyny oraz barokowego klasztoru i kościoła na Skałce.
Budynek podzielony jest na trzy części: w lewej (wschodniej) znajdują się biura, klasy i mieszkania, w centralnej – klatka schodowa, a w prawej (zachodniej) kaplica z okrągłymi oknami i sala rekreacyjna. Pobyt w murach seminarium to dla Paulinów szkoła modlitwy, miejsce, w którym dojrzewa ich powołanie i gdzie pogłębia się przyjaźń z Bogiem. Fundamentem życia duchowego wspólnoty zakonnej jest modlitwa – spotkanie z Jezusem, które najgłębiej wybrzmiewa w codziennej Eucharystii oraz chórowej modlitwie brewiarzowej. Paulini dzielą się na ojców i braci – ojcowie są kapłanami a bracia – członkami wspólnoty zakonnej. Studia w seminarium, w trakcie których kształci się przyszłych kapłanów, trwają 6 lat i obejmują: filozofię (2 lata) oraz teologię (4 lata). Poprzedzone są prenowicjatem na Skałce w Krakowie oraz nowicjatem w Żarkach-Leśniowie, a zakończone złożeniem ślubów wieczystych.